연말정산 간소화 자료에는 난임시술비가 일반 의료비에 섞여 나옵니다. 병원에서 증명서류를 받아 회사에 따로 내지 않으면 15%만 적용됩니다. (2026년 11월 현행 법령 기준)
난임 시술을 받은 해에는 병원비와 약값이 한꺼번에 커지는데, 간소화 자료를 그대로 회사에 넘기면 공제율이 절반으로 처리되는 일이 생깁니다. 이 글은 직장인(근로소득자)을 기준으로 구분 신고 순서와 병원에 요청할 서류를 정리하고, 구분했을 때와 안 했을 때 세액이 얼마나 벌어지는지 계산 예시로 보여 드립니다.
난임시술비 공제율과 한도, 일반 의료비와 다른 점
난임시술비는 의료비 세액공제 항목 가운데 공제율이 가장 높고, 공제 대상금액에 한도가 없습니다. 일반 부양가족 의료비가 연 700만원 한도에 15%인 것과 비교하면 차이가 큽니다. (국세청·소득세법 제59조의4, 2026년 1월 1일 시행 기준)
| 구분 | 공제 대상금액 한도 | 공제율 |
|---|---|---|
| 일반 기본공제대상자 의료비 | 연 700만원 | 15% |
| 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 등 의료비 | 없음 | 15% |
| 미숙아·선천성이상아 의료비 | 없음 | 20% |
| 난임시술비 | 없음 | 30% |
30%가 적용되는 범위는 법으로 정해져 있습니다. 소득세법 시행령은 난임시술을 「모자보건법」에 따른 보조생식술로 정하고 있고, 소득세법은 여기에 난임시술과 관련해 처방받은 의약품 구입비용도 포함합니다. 같은 병원에서 받았더라도 이 범위에 들지 않는 진료비는 일반 의료비로 계산됩니다.
간소화에 난임이 따로 안 뜨는 이유와 구분 신고 순서
홈택스 연말정산 간소화 서비스는 난임시술비를 따로 표시해 주지 않습니다. 국세청은 난임시술비와 미숙아·선천성이상아 의료비가 민감정보(사생활)에 해당해 일반 의료비와 구분 없이 제공하므로, 근로자가 직접 분류해야 한다고 안내합니다. (국세청 국세상담센터 Q&A)
그래서 실제 절차는 다음 순서로 진행됩니다.
- 홈택스 간소화 서비스에서 의료비 자료를 조회해 시술 병원과 약국 지출 내역이 들어와 있는지 확인합니다.
- 시술받은 병원에서 난임시술 비용임이 확인되는 증명서류를 발급받습니다. 처방 약은 약국에서 약제비 납입확인서를 받습니다.
- 간소화 의료비 합계에서 난임시술비 금액을 떼어 내 일반 의료비와 나눕니다. 실손보험금을 받았다면 이 단계에서 함께 뺍니다.
- 회사 연말정산 입력 화면이나 소득·세액공제신고서에서 난임시술비 항목에 따로 적고, 발급받은 서류를 제출합니다.
간소화 서비스는 매년 1월 중순에 열립니다. 지난 연말정산(2025년 귀속분)은 2026년 1월 15일에 개통됐습니다. (국세청, 2026년 1월 보도자료)
회사에 낼 서류: 진단서·증명서와 납입확인서
난임시술비 공제에는 일반 의료비보다 서류가 하나 더 붙습니다. 소득세법 시행규칙 제58조는 의료비지급명세서에 다음 서류를 첨부하도록 정하고 있습니다. (소득세법 시행규칙 제58조, 2026년 5월 22일 시행 기준)
- 「의료법」 제17조에 따른 진단서 또는 증명서 — 난임시술 비용임을 확인하는 서류
- 병원·약국이 발급한 계산서·영수증 또는 진료비(약제비) 납입확인서
- 의료기기를 구입·임차한 경우 의사 처방전과 의료기기명이 적힌 영수증
병원마다 발급 서식의 이름이 다를 수 있으니, 원무과에 “연말정산용으로 난임시술비가 구분된 서류”를 요청하면 됩니다. 시술이 여러 병원에 걸쳐 있었다면 병원별로 각각 받아야 합니다.
총급여 3% 차감, 실제 줄어드는 세금 계산 예시
난임시술비에 한도가 없다고 해서 지출액 전부에 30%가 곱해지는 것은 아닙니다. 의료비 세액공제는 총급여의 3%를 넘는 부분부터 적용되고, 난임시술비 외의 의료비가 3%에 못 미치면 그 부족분을 난임시술비에서 뺍니다. 국세청도 난임시술비가 “무조건 전액 세액공제되는 것은 아니”라고 설명합니다.
아래 두 예시는 이해를 돕기 위한 가정이며, 총급여 5,000만원(3% = 150만원)을 기준으로 직접 계산한 값입니다.
예시 1. 그해 의료비가 난임시술비 400만원뿐인 경우 📝
- 다른 의료비 0원 → 3% 기준에 150만원 부족
- 난임시술비 400만원 − 150만원 = 250만원
- 250만원 × 30% = 세액공제 75만원
예시 2. 본인 난임시술비 400만원 + 본인 일반 진료비 200만원인 경우 📝
- 일반 진료비 200만원 − 150만원 = 50만원 × 15% = 7만 5천원
- 다른 의료비가 3%를 넘었으므로 난임시술비 400만원 전액 × 30% = 120만원
- 구분해서 신고하면 합계 127만 5천원
- 구분하지 않고 600만원을 전부 일반 의료비로 넣으면 (600만원 − 150만원) × 15% = 67만 5천원
같은 지출인데 구분 여부만으로 60만원 차이가 납니다. 다만 세액공제는 산출세액에서 빼는 방식이라, 낼 세금이 공제액보다 적으면 그 범위까지만 줄어듭니다.
30% 계산에서 빼야 하는 금액과 맞벌이 부부 기준
실손의료보험금으로 돌려받은 금액은 공제 대상이 아닙니다. 간소화 의료비는 병원이 제출한 내역 그대로여서 보험금이 차감되어 있지 않으므로, 근로자가 직접 빼고 신고해야 합니다. 받은 보험금은 간소화 의료비 조회 화면 하단의 실손의료보험금 항목에서 확인할 수 있습니다. (국세청 국세상담센터 Q&A)
실손보험금을 빼지 않고 병원 결제액 전체를 난임시술비로 신고하면 과다공제가 됩니다. 사내복지기금 등에서 지원받은 의료비도 공제 대상에서 제외됩니다.
의료비 세액공제는 기본공제대상자의 나이와 소득 제한을 받지 않습니다. 따라서 소득이 있는 배우자의 난임시술비도 내가 지급했다면 내 연말정산에서 공제 대상이 됩니다. 3% 차감 기준이 각자의 총급여로 계산되기 때문에, 맞벌이 부부라면 누가 지급해 공제받는지에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.
자주 묻는 질문 (FAQ)
Q. 난임 주사·약값도 30% 공제되나요?
Q. 간소화에 난임 병원비가 아예 안 뜨면 어떻게 하나요?
Q. 개인사업자도 난임시술비 공제를 받을 수 있나요?
지금 할 일은 하나입니다. 올해 시술받은 병원과 약국에서 난임시술비가 구분된 증명서류를 미리 받아 두면, 1월 간소화 자료가 열렸을 때 금액만 나눠 바로 제출할 수 있습니다. 이 글은 일반적인 정보 제공을 목적으로 하며 개인 상황에 따라 적용 결과가 달라질 수 있습니다. 구체적인 공제 여부는 국세상담센터(126)나 회사 연말정산 담당자에게 확인하시기 바랍니다.